У 1947–1950 роках для лікарні спорудили нову двоповерхову будівлю на вулиці Коцюбинського, 6 зі стаціонарним відділенням (де сьогодні розміщена УКл ВНМУ ім. М.І. Пирогова). На той час діяли три відділення: хірургічне, терапевтичне та дитяче.
Складний післявоєнний період вимагав злагоджених та ефективних дій колективу у боротьбі із захворюваннями хірургічного, терапевтичного та інфекційного профілю. Наказом начальника Південно-Західної залізниці П.Ф. Кривоноса в 1950 році лікарня отримала статус клінічної.
З 50-х років ХХ ст. заклад тісно співпрацює з Вінницьким національним медичним університетом імені М.І. Пирогова. Ця подія заклала початок активній не тільки лікувальній, а й навчально-науковій роботі. Велика кількість чудових спеціалістів, що працювали на базі лікарні, увійшли в історію медицини: І.А. Рибачук, А.П. Юрихін, М.Ю. Мілмовка, Б.С. Шкляр, С.П. Жученко, Л.М. Куперман, М.Д. Желіба.