Як лікувальний заклад УКл ВНМУ ім. М.І Пирогова є досить «молодим». Але будівля та її лікувальний шлях мають дійсно багатолітню історію, а злагоджений колектив медичних працівників за віддану роботу завоював гарну репутацію серед населення.

В стінах теперішньої УКл лікувальний процес розпочався досить давно, а саме в 1946 році, коли у післявоєнний час була заснована “Залізнична лікарня станції Вінниця”.

У 1947–1950 роках для лікарні спорудили нову двоповерхову будівлю на вулиці Коцюбинського, 6 зі стаціонарним відділенням (де сьогодні розміщена УКл ВНМУ ім. М.І. Пирогова). На той час діяли три відділення: хірургічне, терапевтичне та дитяче.

Складний післявоєнний період вимагав злагоджених та ефективних дій колективу у боротьбі із захворюваннями хірургічного, терапевтичного та інфекційного профілю. Наказом начальника Південно-Західної залізниці П.Ф. Кривоноса в 1950 році лікарня отримала статус клінічної.

З 50-х років ХХ ст. заклад тісно співпрацює з Вінницьким національним медичним університетом імені М.І. Пирогова. Ця подія заклала початок активній не тільки лікувальній, а й навчально-науковій роботі. Велика кількість чудових спеціалістів, що працювали на базі лікарні, увійшли в історію медицини: І.А. Рибачук, А.П. Юрихін, М.Ю. Мілмовка, Б.С. Шкляр, С.П. Жученко, Л.М. Куперман, М.Д. Желіба.

Професор Юрихін Анатолій Павлович, завідувач кафедри загальної хірургії 1954-1974р.

Почесний професор Белканія Север’ян Павлович, працював з 1951 по 1994 р.

24 квітня 2015 року Вузлова клінічна лікарня станції Вінниця Південно-Західної залізниці перейшла у власність міста Вінниці. Відповідне рішення прийняла Вінницька мерія, керуючись пунктом 1 частини 2 статті 52, частиною 6 статті 59, частиною 5 статті 60 Закону України «Про місцеве самоврядування в Україні» (Законом України «Про Державний бюджет України на 2015 рік» було визначено перелік усіх залізничних медичних закладів, які передаються на баланс місцевих органів самоврядування).

25 вересня 2015 року на сесії Вінницької мерії депутати одноголосно затвердили зміни до Статуту державного закладу «Вузлова клінічна лікарня Вінниця Південно-Західної залізниці». Згідно документа, Залізнична лікарня за адресою проспект Коцюбинського, 6 перетворилася у Міську клінічну лікарню №2. З 07.11.2017 р. відповідно до наказу МОЗ України №1380 Міська клінічна лікарня №2 реорганізована в Університетську клініку шляхом приєднання до ВНМУ ім. М.І. Пирогова.